Управлінням комунального закладу "Буднянська спеціальна школа" Вінницької обласної Ради в межах повноважень, визначених законами та установчими документами, здійснюють:
- Вінницька обласна Рада відповідно до чинного законодавства та Статуту;
- Безпосереднє управління спеціальною школою здійснює директор - Осадчук Людмила Василівна;
- Основним постійно діючим колегіальним органом управління спеціальної школи є ПЕДАГОГІЧНА РАДА;
- Вищим колегіальним органом громадського самоврядування спеціальної школи є загальні збори трудового колективу.